Zum Hauptinhalt springen

Suchen bei PubMed

Mit 27 Millionen Einträgen ist PubMed die größte, frei zugängliche Literaturdatenbank für die Biomedizin. Sie wird von den US-Nationalen Gesundheitsinstituten finanziert, ist deshalb natürlich englischsprachig, erfasst 5633 Zeitschriften (Stand 2016) und wächst jährlich um ca. 500.000 Einträge. Es folgt eine kleine Anleitung mit Beispielen, wie man aus dieser Flut von Informationen neue Fachpublikationen anhand von Titel, Autor, Stichwort oder Fachgebiet, findet. Natürlich gibt es dafür bereits eine ausführliche Hilfe-Funktion bei PubMed, und sogar Tutorials auf YouTube. Aber vielleicht führt Euch meine Variante ja noch etwas schneller zum Ziel…

Wir beginnen auf der Startseite https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed, wo man natürlich in das Suchfeld seine Begriffe einfach hineinschreiben und auf das Beste hoffen kann.

Das funktioniert schon mal ganz gut, wenn man den exakten Titel der Publikation kennt, oder wenn der Autor einen sehr ausgefallenen Namen hat. Einer meiner Texte für Nature Medicine z.B. hatte den Titel „New Rules for Lazy Professors“ und in der ganzen Datenbank gibt es nur einen einzigen Eintrag mit exakt diesem Titel:

 

 

 

 

 

 

Über den „Full text link“ kann dieser Text nun aufgerufen werden. Fertig.

Schon für die Suche nach Autoren empfiehlt sich die fortgeschrittene Suche. Dazu unter dem Eingabefeld „Advanced“ klicken, auf der folgenden Seite das Feld „Author“ auswählen und erst den Nachnamen eingeben, dann die Initialen. Das sähe bei mir folgendermaßen aus:

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

Durch die Kombination mit AND kann man weitere Autoren nach dem gleichen Muster eingeben, oder – je nachdem, welches Feld man wählt – auch ein Wort, das z.B. im Titel der Arbeit vorkommt. Bleiben wir bei obigem Beispiel, so finden wir 55 Artikel, sortiert nach dem Erscheinungsdatum. Von denen sind aber nur zehn von mir – ein Problem, das jeder haben dürfte, der nicht gerade einen höchst exklusiven Namen sucht. In solchen Fällen kann es helfen, den Zeitraum für das Suchergebnis einzuschränken. Und das geht so:

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

Häufiger als nach Autoren und einem mehr oder weniger bekannten Titel werden die meisten wohl nach einem bestimmten Thema oder Stichwort suchen. Hier kommen die sogenannten MeSH-Terms ins Spiel. Das sind Schlagwörter, die hierarchisch gegliedert sind, und von denen es ca. 25000 gibt. Mehrere Seiten helfen, die besten MeSH-Terms für eine Suche zu finden. Ich empfehle den MeSH-Browser des NIH in der Bäumchenansicht, oder für Fortgeschrittene diese Suchmaske, die zu einem bestimmten Begriff die Kategorie und die Hierarchie aufzeigt.

Zugegeben, dies sieht ziemlich kompliziert aus. Deshalb an dieser Stelle lieber ein Beispiel: Für einen Kunden soll ich über neue klinische Studien zu Lungenkrankheiten berichten, Krebserkrankungen werden aber bereits von einem anderen Kollegen abgedeckt. Dazu nutze ich den Suchbegriff (Respiratory Tract Diseases NOT Neoplasms AND Clinical Trial[ptyp]).

Wie komme ich darauf? Nun, den ersten Teil der Formel habe ich aus dem MeSH-Browser gezogen, und zwar unter „Diseases“ -> „Respiratory Tract Diseases“. Die Krebserkrankungen, zu denen ich keine Publikationen sehen will, stehen unter „Neoplasms“ und dieser zweite Teil der Formel bekommt deshalb ein NOT vorangestellt.

Mit dieser Formel erhalte ich in der PubMed-Suchmaske fast 900.000 Treffer, kann jedoch auf der linken Seite jede Menge Filter aktivieren – unter anderem nach Zeitraum, Verfügbarkeit des Textes (freier Volltext, Volltext oder nur Abstract) und Publikationstyp. Bei Letzterem klicke ich auf „Clinical trials“ – und habe endlich, was ich will.

Als Sahnehäubchen obendrauf bietet PubMed auch noch die Benachrichtigung per E-Mail an, wann immer neue Artikel mit den angegebenen Suchkriterien erscheinen. Man erreicht diesen tollen Service durch anklicken von „Create alert“ unter dem Suchfenster. Die Auswahlmöglichenkeiten hier sind eigentlich selbsterklärend und der Dienst setzt eine Anmeldung beim NCBI voraus, die jedoch kostenlos ist und innerhalb von Minuten bestätigt wird.

Software-Test PC-File:dB

Ein hervorragendes Preis/Leistungs-Verhältnis bietet PC-File:dB, ein Datenbankprogramm in englischer Sprache. Die beiden leicht verständlichen und gut geschriebenen Handbücher helfen, die Sprachbarriere zu überwinden. Die kontextabhängige Hilfsfunktion und der zuschaltbare „Lehrmodus“ erleichtern den Einstieg.

PC-File überrascht den Anwender mit einer Vielzahl an Funktionen und pfiffigen Ideen. Dabei begnügt sich das Programm mit 416 KB RAM und knapp einem Megabyte an Speicherplatz. Das „dB“ im Namen weist darauf hin, dass die erzeugten Dateien voll kompatibel mit dem Standardformat dBase sind. Umgekehrt kann PC-File diese Dateien auch ohne weiteres lesen und bearbeiten. Der reibungslose Datenaustausch mit anderen Programmen ist damit sichergestellt.

Die Dateneingabe erfolgt in Standardtabellen oder in frei gestaltete Masken. Auf Knopfdruck werden ganze Datensätze oder einzelne Felder dupliziert. Felder können automatisch (z.B mit dem aktuellen Datum) gefüllt werden oder konstante Werte aufweisen, die aus anderen Tabellen importiert werden. Diese Möglichkeiten ersparen viel Schreibarbeit. Bis zu zehn Indexfelder pro Datei erlauben die schnelle Suche nach Informationen – auch ähnlich lautende Begriffe werden dabei gefunden.

Beim Sortieren hat Autor Jim Button ebenfalls weiter gedacht. Wer schon einmal eine Adressenliste nach Geburtstagen ordnen wollte, kennt das Problem: Die ältesten Freunde stehen oben, weil sich das Geburtsjahr nicht ignorieren lässt. PC-File schafft hier Abhilfe, erkennt außerdem auch römische Zahlen oder mischt eine Startliste mit Hilfe des Zufallgenerators.

Für die Erstellung von Serienbriefen steht ein eigener Editor zur Verfügung, ein Zusatzprogramm erlaubt den Ausdruck von Adressaufklebern. 22 Makros pro Datei sind möglich und als Zugabe erstellt PC-File auch noch Graphiken, einschließlich Logarithmusskala und Regressionsgeraden.

PC-File:dB 1.0″; ButtonWare, Inc., P.O. Box 96058, Bellevue, WA 98009, USA; für IBM PC und PS/2 Computer und Kompatible; 89,95 Dollar.

(Offenbar unveröffentlichter Text aus dem Jahr 1990)

Software-Test Paradox 3.0

Beeindruckend ist nicht nur der Umfang der mitgelieferten Handbücher (vier Kilogramm beziehungsweise über 2000 Seiten). Die Leistung des Datenbanksystems Paradox 3.0 geht auch sonst weit über das hinaus, was Otto Normalverbraucher benötigt. Für dessen Ansprüche genügt denn auch das Studium eines schmalen Bandes von rund 150 Seiten, der ebenso wie die restlichen Dokumentationen hilfreich und übersichtlich zugleich ist.

Auffällig ist die „Intuition“ des Programms, Paradox scheint zu ahnen, was der Anwender im Sinn hat, sichert ohne vorherige Aufforderung, verzeiht und korrigiert Fehler bei der Arbeit, die bei anderen Programmen schnell zur Verstümmelung ganzer Dateien führen können.

Die Daten werden in Tabellenform dargestellt, auf Wunsch auch in Formularen, die der Anwender frei gestalten kann. Ein Formular, erlaubt dabei sogar die Darstellung oder Eingabe von Datensätzen in verschieden Tabellen gleichzeitig. Verzwickte Abfragen, auch über mehrere verknüpfte Dateien hinweg, lassen sich ohne große Mühe erstellen. Abfrage durch Beispiel (QBE) heißt hier das Zauberwort: Der Benutzer schreibt in eine Abfragetabelle ein Beispiel der gewünschten Antwort – Paradox erledigt den Rest.

Das Programm übernimmt auf Wunsch auch die Übersetzung in die professionelle SQL-Sprache und erlaubt damit selbst Anfängern die Nutzung der meisten kommerziellen Datenbanken. Das Ergebnis jeder Abfrage wird automatisch in einer Antworttabelle gespeichert, aus der sich durch Knopfdruck ein Report oder eine Grafik zaubern lässt. Bei letzterer ist Paradox der Konkurrenz haushoch überlegen: Außer der Wahl zwischen zehn verschiedenen Grafiktypen hat man die volle Kontrolle über Titel, Farben, Achsen und Skalierung.

Für Profis, denen an das nicht genügt, stehen „natürlich“ auch noch Makros, ein Anwendungsgenerator, und die hochentwickelte Programmiersprache PAL zur Verfügung. Paradox begnügt sich mit 512 KB und benötigt eine Festplatte.

Paradox 3.0; Borland GmbH; für IBM-PC und PS/2-Computer und Kompatible; 2451 Mark.

(erschienen in der WELT am 4. April 1990)

Was ist daraus geworden? Habe ein wenig herumgesucht und festgestellt, dass die Firma Corel das Programm zuletzt in der Version 11 vertrieben hat. Aktuell gibt es auf deren Webseiten jedoch keine Hinweise, sodass zu befürchten ist, dass auch diese einstmals führende Software gerade an Altersschwäche stirbt.

Software-Test dBase IV

Mit dBase IV, der neuesten Version des meistgebrauchten Datenbanksystems für Personal Computer, hofft Hersteller Ashton Tate auch weiterhin die Nase vom zu behalten. Dreieinhalb Megabyte Speicherplatz benötigt das komplette Programm. Dies macht eine Festplatte unentbehrlich; auch die geforderten 640 Kilobyte Arbeitsspeicher (RAM) sind längst nicht bei allen IBM-kompatiblen Rechnern vorhanden.

Ein Pull-down-Menüsystem steuert die Installation, die etwa 30Minuten beansprucht. Mitgelieferte Druckertreiber machen aufwendige Anpassungen, die bei früheren Versionen nötig waren, überflüssig. Beim Start meldet sich dBase mit einer Benutzeroberfläche, die ihrem Namen „Regiezentrum“ alle Ehre macht. Sechs Funktionsbereiche ermöglichen das Erstellen und Bearbeiten von Dateien, Abfrageroutinen und Bildschirmmasken. Berichte und Etiketten können aus den vorhandenen Daten erstellt werden, eigene Programme lassen sich mit oder ohne Hilfe eines „Programmgenerators“ schreiben. Leider kann auch diese dBase-Version immer noch keine Grafiken erstellen.

Vom Regiezentrum aus öffnen sich ständig neue Fenster, die bald den gesamten Bildschirm einnehmen. Die Übersichtlichkeit bleibt dabei allerdings auf der Strecke. Dafür entschädigt die Möglichkeit, alle Systemparameter frei einstellen zu können, sowie die verbesserte Darstellung und Bearbeitung von Dateien. Funktionstasten lassen sich vom Benutzer dreifach belegen. Die besonders leistungsstarke Programmiersprache von dBase wurde nochmals um mehr als 200 Befehle und Funktionen erweitert. Die Dokumentation ist ausführlich, eine Einführungsdiskette oder ein entsprechendes Kapitel bei der Hilfefunktion aber wäre für Einsteiger besser verständlich gewesen.

dBase IV; Ashton Tate GmbH; für IBM PC/XT, IBM PC/AT oder Kompatible, IBM PS/2; 2679 Mark

(erschienen in der WELT vom 5. Januar 1990)

Was ist daraus geworden? Ich habe dieses Programm damals selbst mit Begeisterung genutzt, um damit alles Mögliche zu erfassen und zu katalogisieren – von den Fachartikeln, die ich gelesen habe, bis zu meiner Briefmarkensammlung. Bescheidene Programmierversuche habe ich ebenfalls unternommen, besonders weit bin ich damit aber nicht gekommen. dBase war laut Wikipedia das erste weithin genutzte dateibasierende Datenbankmanagementsystem und hat mit seiner Syntax und Datenstruktur einen Quasistandard geschaffen, den eine Reihe von Unternehmen für ähnliche Systeme übernommen haben. Viele Jahre lang waren Programme, die dBASE-Dateien verwendeten, fast überall auf PCs zu finden. Heute gilt das Programm dBase IV jedoch als veraltet. Tot ist dBase aber noch lange nicht. Es wechselte mehrmals den Besitzer, wurde weiterentwickelt und war, als ich zuletzt nachgeschaut habe, in der Version dBase Plus 10 bei der gleichnamigen Firma für $ 499 erhältlich.